Nació en México, D.F. en 1893. Hijo del historiador y literato Eligio Ancona. Se recibió de ingeniero civil en Mérica, Yuc. Ocupó varios cargos públicos en ese estado, y fue director de la Biblioteca Cepeda Peraza en la ciudad de Mérida, y rector de la Universidad de Yucatán (1936-1942). Pero llegó a Puebla gracias a su libro Lecciones de Cosmografía, escrito como resultado de la cátedra de de Aritmética, Matemáricas y Cosmografía que impartió durante varios años en esa Universidad. El astrónomo Luis Enrique Erro, conoció la publicación y lo invitó a colaborar al Observatorio Astrofísico de Tonanzintla, del que era director.
En Puebla pronto se relacionó con Horacio Labastida Muñoz, quien al llegar a la rectoría de la Universidad de Puebla, lo llama a colaborar y con él, asume la dirección de la Escuela de Ingeniería Civil en 1953. Posteriormente, junto Luis Rivera Terrazas funda en esta Casa de Estudios, la primera escuela de Física de la provincia mexicana, de la que es director 1954 a 1956 . La que pronto logró prestigio no sólo nacional sino también internacional. Pero recibiría fuertes embates con el propósitode destruirla, que el maestro Ancona Albertos resisitió como parte de la planta de docentes, primero y luego como su director. Fue catedrático 20 años . Miembro del Consejo de Honor de la universidad en 1956, nombrado por el gobernador Maximino Ávila Camacho.
DECANO en funciones de director, de la Escuela de Ciencias Físico - Matemáticas, en 1963.
CONSEJERO MAESTRO en diversas ocasiones y representado a diversas escuelas de la institución.
Autor de varias obras didácticas. Miembro del Ateneo de Ciencias y Artes de México y de
Entre los legados más maravillosos de este científico, se encuentra su hija, Maricarmen Ancona Herrera, la legendaria maestra Ancona, de las primeras mujeres egresadas de la escuela de Física de la Universidad de Puebla.
Joaquín Ancona murió en Puebla, Pue, el 7 de febrero de 1971
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